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甲型(A型)H1N1流感的稱謂存在一定的不科學性。
許多人第一次聽說豬還會有流感,因此對豬肉產生了恐懼,有的國家還以防止豬流感為由開始大規模殺豬或禁止進口豬肉。目前並沒有在豬當中發現有這種病毒,有人——特別是養豬業的人士——為豬而鳴不平,認為豬被冤枉了。為了不想讓豬擔當惡名,世界衛生組織在叫了一陣豬流感之後,正名為A型H1N1流感,國內把它漢化為甲型H1N1流感,媒體有時則乾脆簡稱為甲型流感。這種簡稱極為不當。流感病毒分為甲、乙、丙(或A、B、C)三型,其中最常見的就是甲型,每年流行的季節性流感大多是甲型流感。因此把這次特別的流感簡單地稱為甲型流感並不能將它與一般的流感區分開。
在流感病毒的表面存在兩種蛋白質。一種能讓血液中的紅細胞凝聚在一起,所以叫做血凝素(簡稱HA或H)。另一種蛋白質能把神經氨酸(一種醣類分子)分解掉,所以叫神經氨酸酶(簡稱NA或N)。這兩種蛋白質因為暴露在流感病毒的外面,流感病毒進入人體後,它們就成了人體免疫系統的靶子。如果這兩種蛋白質出現了變異,免疫系統識別不了它們,流感病毒就能躲過去。因此病毒學家就根據這兩種蛋白質的變異情況來給流感病毒做進一步的分類,編上不同的號碼。這次的流感是甲型H1N1亞型,那兩個數字就分別表示其血凝素和神經氨酸酶的類型。這個亞型的流感病毒並不是新發現的,導致1918~1919年流感大流行的病毒也是甲型H1N1亞型。它實際上是最常見的流感病毒亞型,2006年季節性流感大約有一半是它引起的。因此,把這次的流感稱為甲型H1N1流感,同樣不能表明其特殊性。

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