亞單位疫苗是通過物理化學方法或基因工程手段獲取病原體主要免疫原蛋白而製成的一種疫苗，它可以有效避免利用全病原體生產疫苗而導致的生物安全風險，並有利於提高疫苗中有效成分的濃度、純度，以及開發多價、多聯疫苗。目前已研製成功的亞單位疫苗包括口蹄疫病毒VPI亞單位疫苗、結核桿菌核醣體亞單位疫苗、多種細菌的外毒素亞單位疫苗、乙肝病毒表面抗原亞單位疫苗等。迄今為止，人用流感疫苗的發展已經歷了3個時期，第1代疫苗是全病毒滅活疫苗，第2代是半裂解疫苗，第3代是全裂解病毒亞單位疫苗。與前2代疫苗相比，第3代疫苗進一步除去了病毒成分中與免疫功能關係不大且對機體有應激作用的大分子蛋白及熱源質，而將流感病毒主要免疫抗原血凝素（ HA）和神經胺酸酶（NA）濃縮，因此這種疫苗對機體的應激性小，接種後抗體上升快、維持時間長，具有很好的免疫效果，也具有更高的生物安全性。目前，在許多國家的人群中已開始全面使用第3代全裂解流感病毒亞單位疫苗。但對於豬流感來說，這種亞單位疫苗的生產成本過於昂貴，短期內成為主流免疫產品的可能性不大。相反，人們把目光更多地投向第4代基因工程亞單位疫苗。

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